所谓的酸催化法，就是不进行第二步碱催化，仅仅依靠酸性催化剂完成酯化、酯交换反应的一种工艺；这种工艺之所以流行，是因为废弃油脂的酸值高低差别较大，同时由于组成复杂造成酯化降低酸值（达到碱催化要求）难度较大，影响甚至制约了第二步碱催化的正常进行或者是无法进行；因此虽然酸催化生产周期长、能耗较高，但是由于原料适应性广，因此一直得以在我国生物柴油行业占据一定位置，目前我国很多家生物柴油企业都还沿用这个工艺为主要生产工艺。

国内生物柴油酸催化法主要有二种工艺路线，其一是常压高温甲醇法，其二是低压酸催化法，前者比较通用，即适用于酸催化，也是酸—碱两步法常用的酯化工艺流程。